La historia alterna de las Zanpakuto

La Saga de los Cuentos Desconocidos de las Zanpakutō (斬魄刀異聞篇, Zanpakutō Ibun Hen) es la forma de referirse a una saga de relleno (exclusiva de anime), donde se plantea una rebelión de los espíritus de las Zanpakutō en contra de sus amos, los Shinigami. Como ya ocurriese en las temporadas 4ª, 5ª y 9ª, la 13ª se encarga de narrar eventos totalmente aparte de la historia del manga y que, además, no parecen tener cabida en el eje cronológico de la serie.
En este proyecto se ha vuelto a recurrir a varios diseños e ideas de Tite Kubo, como al parecer ha sido el caso de la creación de la mayor parte de los espíritus de las Zanpakutō materializadas. El tema de inicio sigue siendo el mismo que el de la temporada anterior hasta el episodio 243, donde es sustituido por "Anima Rossa", de Porno Graffiti. En lo que a los ending respecta, se han utilizado dos hasta el momento: "Mad Surfer", de Kenichi Asai (episodios 230-242) y "Sakurabito", de SunSet Swish (a partir del episodio 243-255).

Invasion a la Sociedad de Almas

Aparece un grupo de extraños hablando entre sí. Luego aparece un misterioso hombre, el cual informa al grupo de seres extraños que es el momento de revelarse. Ichigo Kurosaki se despierta en su mundo interior, donde Zangetsu le pregunta a Ichigo si puede oír, a lo que este le responde que sí; Zangetsu piensa que está bien. En el Seireitei, diversos capitanes y tenientes de los 13 Escuadrones están confundidos en cuanto a por qué su Zanpakutô no están funcionando correctamente; algunas desobedecen ordenes, otras no aparecen, y otras se desvanecen mientras su amo habla con ella. Por la noche, un grupo de extraños entra en la oficina de Genryūsai Shigekuni-Yamamoto. Yamamoto y su teniente Chōjirō Sasakibe ven a los intrusos, pero lo que ven los deja en estado de shock.

Más tarde, Yamamoto llama a todos los Capitanes, Tenientes, y varios Shinigami mediante las mariposas infernales; esto es para una reunión de emergencia, en la colina del Sōkyoku. Allí son recibidos por un hombre misterioso, que se llama a sí mismo Muramasa. Sajin Komamura intenta atacarlo con su Zanpakutō, Tenken, pero Tenken aparece en forma humana y se vuelve en su contra, poniendo fin a la batalla, pues lo deja inconsciente con un golpe de su cuchilla. Los demas Shinigami intentan atacar, pero también son incapaces de liberar sus Zanpakutō. Las Zanpakutō asumen una forma humana y se unen a Muramasa, que afirma que las Zanpakutô de los Shinigami han renunciado a ellos y están declarando la guerra. 

La llegada de Ichigo

Ichigo encuentra a Rukia Kuchiki lesionada en el mundo humano, mientras que una mujer extraña, que utiliza las capacidades de Rukia, la está atacando a ella. Se puso de manifiesto que esta mujer es, de hecho, la Zanpakuto de Rukia, Sode no Shirayuki. Ichigo con éxito forza a la Zanpakuto renegada a rendirse, y Sode no Shirayuki se retira a la Sociedad de Almas. Ichigo lleva a Rukia a la Tienda de Urahara, donde Rukia cuenta lo que vivo enla Sociedad de Almas. Rukia revela que los Espíritus de las Zanpakuto han atacado a sus amos, y que Byakuya empezó a pelear contra su Zanpakuto, antes de tener que venir al mundo humano para protegerse. Luego, Yoruichi Shihōin vuelve de su investigación en la Sociedad de Almas, y revela que todos los que se reunieron con Muramasa ha sobrevivido.
Cuenta que el resto de los Shinigami de los 13 Escuadrones se han reagrupado en la sede de la Cuarta División, mientras tratan de restablecer sus defensas y aprender más acerca de la rebelión de las Zanpakuto. Ademas, dice que Byakuya Kuchiki no aparece en la lista de refugiados, por lo que, fue aparentemente derrotado por su propia Zanpakuto, Senbonzakura. Despues, Kisuke Urahara observa que sólo las Zanpakutô en la Sociedad de Almas se ven afectadas y que aquellos que viven en el mundo humano no se ven afectados, y decide tratar de capturar a uno de los Zanpakuto materializadas en un intento por aprender más sobre su nuevo enemigo. En el medio de la noche, Rukia sale para la Sociedad de Almas, al parecer en busca de Byakuya. Por eso, Yoruchi e Ichigo abre una puerta Senkai, para ir a la Sociedad de Almas, en busca de Rukia

La Princesa de Hielo: Sode no Shirayuki vs Rukia Kuchiki

Rukia regresa a los cuarteles de la Sexta División y se reúne con Renji Abarai. Sin embargo, el estado de Byakuya sigue siendo desconocido después de la noche del ataque de las Zanpakuto. Rukia regresa al recinto de Byakuya y se encuentra con Sode no Shirayuki, la cual ataca y congela a varios Shinigami. Mientras tanto, Ichigo y Yoruichi llegan a la Sociedad de Almas y se dividen para buscar pistas. Rukia trata de razonar con ella, pero Sode no Shirayuki demanda su libertad. Después de una batalla feroz, donde Rukia pierde ante Shirayuki y está a punto de ser congelada a muerte cuando Ichigo llega a su rescate. Sin embargo, este se resiste y vacila en atacar en Sode no Shirayuki, pues, es la Zanpakuto de Rukia. Debido a eso, resulta muy dañado por Sode no Shirayuki. Rukia intenta atacarla por la espalda, pero resulta inutil. Rukia convence a Ichigo que deje de pelear con ella, y le vuelve a decir a ella lo importante que es. Rukia empieza a acercarse a Sode no Shirayuki y esta dispuesta a sacrificarse , a fin de convencerla de que no se podía vivir sin el otro. Usando el Bakudo 61: Rikujōkōrō , se liga junto con Sode no Shirayuki, mientras esta utiliza sus poderes de hielo. Al estar ligadas una a la otra, dentro de un torbellino de hielo, Rukia utiiza el Hadō 73: Sōren Sōkatsui. La explosión resultante perjudica gravemente a Rukia. Sode no Shirayuki tiene un cambio de corazón e intenta de llegar a su dueña, pero Muramasa llega y lo impide. Muramasa se presenta a Ichigo y dice que es un Zanpakuto.